[STM32F1] LL_GPIO not setting pins in CubeIDE generated MX_GPIO_Init

When I set a GPIO output level to high in the device configuration tool, it generates an LL_GPIO_SetOutputPin call on top just below the EnableClocks inside the MX_GPIO_Init function. This doesn't work. When I copy this call to the bottom of the generated function it works:

static void MX_GPIO_Init(void)
{
 LL_GPIO_InitTypeDef GPIO_InitStruct = {0};
 
 /* GPIO Ports Clock Enable */
 LL_APB2_GRP1_EnableClock(LL_APB2_GRP1_PERIPH_GPIOC);
 LL_APB2_GRP1_EnableClock(LL_APB2_GRP1_PERIPH_GPIOD);
 LL_APB2_GRP1_EnableClock(LL_APB2_GRP1_PERIPH_GPIOA);
 LL_APB2_GRP1_EnableClock(LL_APB2_GRP1_PERIPH_GPIOB);
 
 /* * * * * * * * The generated calls below do not set the GPIOs * * * * * * * */
 
 /**/
 LL_GPIO_SetOutputPin(FW_INT_NRST_GPIO_Port, FW_INT_NRST_Pin);
 
 /**/
 LL_GPIO_SetOutputPin(SER_DATA_SEL_GPIO_Port, SER_DATA_SEL_Pin);
 
 /**/
 LL_GPIO_ResetOutputPin(MCU_GPIO0_GPIO_Port, MCU_GPIO0_Pin);
 
 /* * * * * * * * The generated calls above do not set the GPIOs * * * * * * * */
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = PGOOD_Pin;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_FLOATING;
 LL_GPIO_Init(PGOOD_GPIO_Port, &GPIO_InitStruct);
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = LL_GPIO_PIN_14|LL_GPIO_PIN_15|LL_GPIO_PIN_0|LL_GPIO_PIN_1 
 |LL_GPIO_PIN_2|LL_GPIO_PIN_3|LL_GPIO_PIN_4|LL_GPIO_PIN_5 
 |LL_GPIO_PIN_6|LL_GPIO_PIN_7|LL_GPIO_PIN_8|LL_GPIO_PIN_9 
 |LL_GPIO_PIN_12;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_ANALOG;
 LL_GPIO_Init(GPIOC, &GPIO_InitStruct);
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = LL_GPIO_PIN_0|LL_GPIO_PIN_1|LL_GPIO_PIN_2|LL_GPIO_PIN_3 
 |LL_GPIO_PIN_4|LL_GPIO_PIN_5|LL_GPIO_PIN_7|LL_GPIO_PIN_8 
 |LL_GPIO_PIN_12;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_ANALOG;
 LL_GPIO_Init(GPIOA, &GPIO_InitStruct);
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = LL_GPIO_PIN_0|LL_GPIO_PIN_2|LL_GPIO_PIN_10|LL_GPIO_PIN_11 
 |LL_GPIO_PIN_12|LL_GPIO_PIN_13|LL_GPIO_PIN_14|LL_GPIO_PIN_15 
 |LL_GPIO_PIN_5|LL_GPIO_PIN_6|LL_GPIO_PIN_7|LL_GPIO_PIN_8;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_ANALOG;
 LL_GPIO_Init(GPIOB, &GPIO_InitStruct);
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = FW_INT_NRST_Pin|MCU_GPIO0_Pin;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_OUTPUT;
 GPIO_InitStruct.Speed = LL_GPIO_SPEED_FREQ_LOW;
 GPIO_InitStruct.OutputType = LL_GPIO_OUTPUT_PUSHPULL;
 LL_GPIO_Init(GPIOB, &GPIO_InitStruct);
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = SER_DATA_SEL_Pin;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_OUTPUT;
 GPIO_InitStruct.Speed = LL_GPIO_SPEED_FREQ_LOW;
 GPIO_InitStruct.OutputType = LL_GPIO_OUTPUT_PUSHPULL;
 LL_GPIO_Init(SER_DATA_SEL_GPIO_Port, &GPIO_InitStruct);
 
 /**/
 GPIO_InitStruct.Pin = LL_GPIO_PIN_2;
 GPIO_InitStruct.Mode = LL_GPIO_MODE_ANALOG;
 LL_GPIO_Init(GPIOD, &GPIO_InitStruct);
 
 /* * * * * * * * They do work when I copy them here: * * * * * * * */
 
 /**/
 LL_GPIO_SetOutputPin(FW_INT_NRST_GPIO_Port, FW_INT_NRST_Pin);
 
 /**/
 LL_GPIO_SetOutputPin(SER_DATA_SEL_GPIO_Port, SER_DATA_SEL_Pin);
 
 /**/
 LL_GPIO_ResetOutputPin(MCU_GPIO0_GPIO_Port, MCU_GPIO0_Pin);
 
}

HW is STM32F107RCT. Is this a known issue?